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たとえば、脊椎動物には、イシガキトカゲやイシガキカエルウオ、イシガキヒヨドリがいます
たとえば、脊椎動物には、イシガキトカゲやイシガキカエルウオ、イシガキヒヨドリがいます。また、昆虫には、イシガキトゲウスバカミキリやイシガキニイニイがいます。その他の無脊椎動物としてはイシガキヌマエビがいます。

また、植物としてはイシガキスミレ、イシガキキヌラン、イシガキタキミシダがいます。

2007年8月1日には、石垣島の一部、正確にはその面積の約3割にあたる約7000haが西表国立公園へ編入されました。それによって、名称は「西表石垣国立公園」に変更されました。これにより、サンゴ礁で有名で、かつて新空港問題で有名となった、白保地区なども「海中公園地区」とされました。海中公園の面積は国内最大といわれます。

また、宮良川河口にはマングローブの林が広がり、国内最大の面積をもちます。
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